### R code from vignette source 'gore.Rnw'

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### code chunk number 1: gore.Rnw:49-51
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options(prompt="  ")
options(continue="  ")


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### code chunk number 2: ggplot
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library(ggplot2)
qplot(Sepal.Length, Sepal.Width, 
      data=iris, color=Species)


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### code chunk number 3: griddetail (eval = FALSE)
###################################################
## library(grid)
## grid.lines(x, y, gp=gpar(col="grey50", lwd=40, 
##                    lineend="square",
##                    linejoin="mitre"))


###################################################
### code chunk number 4: grid
###################################################
x <- c(.4, .6, .4)
y <- c(.2, .5, .8)
library(grid)
grid.lines(x, y, gp=gpar(col="grey50", lwd=40, 
                   lineend="square",
                   linejoin="mitre"))
grid.points(x, y, default="npc", pch=16, gp=gpar(cex=0.5))
grid.lines(x - .3, y, gp=gpar(lwd=40, col="gray50"))
                   # lineend="round", linejoin="round"
grid.points(x - .3, y, default="npc", pch=16, gp=gpar(cex=0.5))
grid.lines(x + .3, y, gp=gpar(lwd=40, lineend="butt",
                   linejoin="bevel", col="gray50"))
grid.points(x + .3, y, default="npc", pch=16, gp=gpar(cex=0.5))



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### code chunk number 5: gore.Rnw:165-181
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outline <- function(x, y, col="black") {
    n <- length(x)
    for (i in 1:n) {
        start <- i
        if (i == n) 
            end <- 1
        else 
            end <- i + 1
        grid.segments(x[start], y[start], x[end], y[end],
                      default="native",
                      arrow=arrow(angle=10, length=unit(5, "mm"),
                        type="closed"),
                      gp=gpar(col=col, fill=col))
    }
}



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### code chunk number 6: polygon
###################################################
t <- seq(0, 2*pi, length=6)[-6]
x <- cos(t)
y <- sin(t)
# grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1, 3, respect=TRUE)))
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1,
                      xscale=c(-1, 1), yscale=c(-1, 1)))
grid.polygon(x, y,
             default="native",
             gp=gpar(fill="grey"))
outline(x, y)
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2,
                      xscale=c(-1, 1), yscale=c(-1, 1)))
grid.polygon(x[c(1, 5, 2, 4, 3)],
             y[c(1, 5, 2, 4, 3)],
             default="native",
             gp=gpar(fill="grey"))
outline(x[c(1, 5, 2, 4, 3)], y[c(1, 5, 2, 4, 3)])
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.col=3,
                      xscale=c(-1, 1), yscale=c(-1, 1)))
grid.path(c(x, .5*x),
          c(y, .5*y),
          id.lengths=rep(5, 2), rule="evenodd",
          default="native",
          gp=gpar(fill="grey"))
outline(x, y)
outline(.5*x, .5*y)
popViewport()



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### code chunk number 7: fillrule
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x <- c(0, 0, .8, .2, 1, 1)
y <- c(0, 1, .5, .5, 1, 0)
star <- function(lab, rule, gp=gpar(col=NA, fill="black", lwd=1)) {
    grid.text(lab, y=unit(1, "npc"), just="bottom")
    pushViewport(viewport(width=.8, height=.8))
    grid.path(x, y, id.lengths=c(3, 3),
              default="native",
              gp=gp, rule=rule)
    popViewport()
}
# grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1, 3, respect=TRUE)))
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1))
star("even-odd", "evenodd")
popViewport()
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2),
             viewport(width=.8, height=.8))
xl <- split(x, rep(1:2, each=3))
yl <- split(y, rep(1:2, each=3))
for (i in 1:2) {
    grid.path(xl[[i]], yl[[i]], 
              gp=gpar(fill=rgb((1:0)[i], 0, (0:1)[i], .2)))
    outline(xl[[i]], yl[[i]], 
            col=rgb((1:0)[i], 0, (0:1)[i]))
}
popViewport(2)
pushViewport(viewport(layout.pos.col=3))
star("non-zero winding", "winding")
popViewport()



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### code chunk number 8: gnu
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library(grImport)
# PostScriptTrace("GNU.eps", "GNU.xml")
gnu <- readPicture("GNU.xml")
# grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout=grid.layout(1, 3, respect=TRUE)))
pushViewport(viewport(layout.pos.col=1))
grid.picture(gnu)
grid.rect(gp=gpar(col=NA, fill="white"))
downViewport("picture.scale")
brokenGNU <- explodePaths(gnu[-(1:2)])
lapply(brokenGNU@paths, 
       function(path) { grid.polygon(path@x, path@y, default="native") })
popViewport(3)
pushViewport(viewport(layout.pos.col=2))
grid.picture(gnu)
grid.rect(gp=gpar(col=NA, fill="white"))
downViewport("picture.scale")
grid.polygon(gnu@paths[[3]]@x, gnu@paths[[3]]@y,
             default="native",
             gp=gpar(fill="black"))
grid.text('grid.polygon()',
          y=0, just="top")
popViewport(3)
pushViewport(viewport(layout.pos.col=3))
grid.picture(gnu)
grid.text('grid.path(rule="winding")',
          y=0, just="top")
popViewport()



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### code chunk number 9: dataprep
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library(akima)
library(maps)
library(gpclib)
library(maptools)
quakes <- read.csv("quakes-mod.csv")
quakes$long <- ifelse(quakes$LONG < 0, 360 + quakes$LONG, quakes$LONG)
quakes <- quakes[quakes$LAT < 0 & quakes$long < 190, ]
library(MASS)
qd <- kde2d(quakes$long, quakes$LAT, n=100)
ql <- contourLines(qd$x, qd$y, qd$z, nlevels=10)
n <- length(ql)
# points(quakes$long, quakes$LAT, pch=".")
outline <- map("nz", plot=FALSE)
xrange <- range(outline$x, na.rm=TRUE)
yrange <- range(outline$y, na.rm=TRUE)
xbox <- xrange + c(-2, 2)
ybox <- yrange + c(-2, 2)

hue <- 240



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### code chunk number 10: nzfinal
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
# Plot the data
map("nz")
mapply(function(c, col) {
           polygon(c, col=col, border=adjustcolor(col, 1, .9, .9, .9))
       },
       ql, as.list(hcl(hue, 50, 20 + 60*n:1/(n+1)))) # grey(.7*n:1/(n+1) + .2)))
polypath(c(outline$x, NA, c(xbox, rev(xbox))), 
         c(outline$y, NA, rep(ybox, each=2)),
         col="white", rule="evenodd")
points(quakes$long[quakes$MAG > 7], 
       quakes$LAT[quakes$MAG > 7],
       pch=21, bg=hcl(hue - 180, 80, 80))
box()



###################################################
### code chunk number 11: nzpoints
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
map("nz", col=NA)
points(quakes$long[quakes$MAG > 7], 
       quakes$LAT[quakes$MAG > 7],
       pch=21, bg=hcl(hue - 180, 50, 80))
box()


###################################################
### code chunk number 12: gore.Rnw:402-403 (eval = FALSE)
###################################################
##     points(x, y, ...)


###################################################
### code chunk number 13: nzmap
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
# Plot the data
map("nz")
box()


###################################################
### code chunk number 14: gore.Rnw:433-435 (eval = FALSE)
###################################################
##     library(maps)
##     map("nz")


###################################################
### code chunk number 15: nzcontour
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
# Plot the data
map("nz", col=NA)
mapply(function(c, col) {
           polygon(c, col=col, border=adjustcolor(col, 1, .9, .9, .9))
       },
       ql, as.list(hcl(hue, 50, 20 + 60*n:1/(n+1))))
box()


###################################################
### code chunk number 16: gore.Rnw:470-473 (eval = FALSE)
###################################################
##   mapply(polygon,
##          contourLines(...), 
##          col=...)


###################################################
### code chunk number 17: nzmappath
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
map("nz", col="grey", fill=TRUE)


###################################################
### code chunk number 18: gore.Rnw:501-505 (eval = FALSE)
###################################################
##   outline <- map("nz", 
##                  plot=FALSE)
##   polypath(outline, 
##            rule="evenodd")


###################################################
### code chunk number 19: nzpathbox
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
map("nz", col=NA)
polypath(c(outline$x, NA, c(xbox, rev(xbox))), 
         c(outline$y, NA, rep(ybox, each=2)),
         col="white", rule="evenodd")
box()


###################################################
### code chunk number 20: gore.Rnw:537-542 (eval = FALSE)
###################################################
##   xrange <- range(outline$x)
##   xbox <- xrange + c(-2, 2)
##   path$x <- c(outline$x, NA, 
##               c(xbox, 
##                 rev(xbox)))


###################################################
### code chunk number 21: nzpathfill
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
map("nz", col=NA)
polypath(c(outline$x, NA, c(xbox, rev(xbox))), 
         c(outline$y, NA, rep(ybox, each=2)),
         col="grey", rule="evenodd")
box()


###################################################
### code chunk number 22: gore.Rnw:575-577 (eval = FALSE)
###################################################
##   polypath(path, 
##            rule="evenodd")


###################################################
### code chunk number 23: nzoverlaycontour
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
# P1
map("nz", col=NA)
mapply(function(c, col) {
           polygon(c, col=col, border=adjustcolor(col, 1, .9, .9, .9))
       },
       ql, as.list(hcl(hue, 50, 20 + 60*n:1/(n+1))))
box()


###################################################
### code chunk number 24: gore.Rnw:611-614 (eval = FALSE)
###################################################
##   mapply(polygon,
##          contourLines(...), 
##          col=...)


###################################################
### code chunk number 25: nzoverlaypath
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
# P1
map("nz", col=NA)
mapply(function(c, col) {
           polygon(c, col=col, border=adjustcolor(col, 1, .9, .9, .9))
       },
       ql, as.list(hcl(hue, 50, 20 + 60*n:1/(n+1))))
polypath(c(outline$x, NA, c(xbox, rev(xbox))), 
         c(outline$y, NA, rep(ybox, each=2)),
         col="white", rule="evenodd")
box()


###################################################
### code chunk number 26: gore.Rnw:652-657 (eval = FALSE)
###################################################
##   mapply(polygon,
##          contourLines(...), 
##          col=...)
##   polypath(path, 
##            rule="evenodd")


###################################################
### code chunk number 27: nzoverlaypoints
###################################################
par(mar=rep(2, 4))
map("nz", col=NA)
mapply(function(c, col) {
           polygon(c, col=col, border=adjustcolor(col, 1, .9, .9, .9))
       },
       ql, as.list(hcl(hue, 50, 20 + 60*n:1/(n+1))))
polypath(c(outline$x, NA, c(xbox, rev(xbox))), 
         c(outline$y, NA, rep(ybox, each=2)),
         col="white", rule="evenodd")
points(quakes$long[quakes$MAG > 7], 
       quakes$LAT[quakes$MAG > 7],
       pch=21, bg=hcl(hue - 180, 50, 80))
box()


###################################################
### code chunk number 28: gore.Rnw:696-702 (eval = FALSE)
###################################################
##   mapply(polygon,
##          contourLines(...), 
##          col=...)
##   polypath(path, 
##            rule="evenodd")
##   points(x, y, ...) 


###################################################
### code chunk number 29: gore.Rnw:725-789
###################################################
library(png)

png("worldsmall.png", width=600, height=300)
worldsmall <- readPNG(system.file("textures/worldsmall.png",package="rgl"))
grid.raster(worldsmall)
dev.off()

png("worldsmall-grid.png", width=600, height=300)
worldsmall <- readPNG(system.file("textures/worldsmall.png",package="rgl"))
grid.raster(worldsmall)
grid.rect(x=rep(0:19/20, 20), 
          y=rep(0:19/20, each=20),
          width=1/20, height=1/20,
          just=c("left", "bottom"),
          gp=gpar(fill=NA))
dev.off()

library(rgl)

lat <- matrix(seq(90,-90, len=20)*pi/180, 20, 20, byrow=TRUE)
long <- matrix(seq(-180, 180, len=20)*pi/180, 20, 20)     
r <- 6378.1 # radius of Earth in km
x <- r*cos(lat)*cos(long)
y <- r*cos(lat)*sin(long)
z <- r*sin(lat)

open3d(windowRect=c(0, 0, 300, 300))
clear3d("all")
light3d()
persp3d(x, y, z, col="white", 
        axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="",
        normal_x=x, normal_y=y, normal_z=z)
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(-30/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(45/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=2/3)
snapshot3d("sphere.png")

open3d(windowRect=c(0, 0, 300, 300))
clear3d("all")
material3d(shininess=100, specular="black")
persp3d(x, y, z, col="black", 
        front="line", back="culled", 
        axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="",
        normal_x=x, normal_y=y, normal_z=z)
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(-30/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(45/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=2/3)
snapshot3d("sphereWire.png")
     
open3d(windowRect=c(0, 0, 300, 300))
clear3d("all")
light3d()
persp3d(x, y, z, col="white", 
        texture=system.file("textures/worldsmall.png",package="rgl"), 
        specular="black", axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="",
        normal_x=x, normal_y=y, normal_z=z)
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(-30/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(45/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=2/3)
snapshot3d("sphereTexture.png")
  


###################################################
### code chunk number 30: gore.Rnw:873-921
###################################################
load("RData_forpaul")

nrz <- nrow(z)
ncz <- ncol(z)
color <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(16)
zfacet <- 0.25*(z[-1, -1] + z[-1, -ncz] + z[-nrz, -1] + z[-nrz, -ncz])
facetcol <- cut(zfacet,breaks=c(-7,-4,seq(-3,3,by=0.5),4,7))

library(maps)

customFC <- function(x, y, z, col, levels) {
    par(mar = rep(0, 4))
    plot.new()
    plot.window(range(x, finite=TRUE),
                range(y, finite=TRUE), "", xaxs="i", yaxs="i", asp=NA)
    .Internal(filledcontour(as.double(x), as.double(y), z, as.double(levels), 
                            col=col))
}
 
# Do a PNG of filled.contour with world map
png("world.png", width=600, height=300)
customFC(x, y, z,
         col=color,
         levels=c(-7, -4, seq(-3, 3, by=0.5), 4, 7))
map("world", add=TRUE, interior=FALSE)
dev.off()

xx <- matrix(x, nrow=length(x), ncol=length(y))
yy <- matrix(2*rev(y), nrow=length(x), ncol=length(y), byrow=TRUE)
zz <- z[, dim(z)[2]:1]

open3d(windowRect=c(0, 0, 900, 900))
clear3d("all")
light3d()
persp3d(x, y, z,
        zlim=c(-10, 10), aspect=c(1, .5, 1),
        col="white", specular="black",
        texture="world.png",
        texture_s=matrix(1:128/129, 128, 64),
        texture_t=matrix(1:64/65, 128, 64, byrow=TRUE),
        axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="")
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(15/180*pi, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(50/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(30/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=.75)
snapshot3d("heatmapTexture.png")



###################################################
### code chunk number 31: gore.Rnw:941-965
###################################################
pdf("heatmap.pdf")
customFC(x, y, z,
         col=color,
         levels=c(-7, -4, seq(-3, 3, by=0.5), 4, 7))
dev.off()

pdf("worldmap.pdf", height=3.5)
par(mar=rep(0, 4))
map("world", interior=FALSE)
dev.off()

open3d(windowRect=c(0, 0, 900, 900))
clear3d("all")
light3d()
persp3d(x, y, z, front="fill", back="fill", col="white",
        zlim=c(-10, 10), aspect=c(1, .5, 1),
        axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="")
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(15/180*pi, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(50/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(30/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=.75)
snapshot3d("surface.png")



###################################################
### code chunk number 32: gore.Rnw:1061-1080
###################################################
open3d(windowRect=c(0, 0, 900, 900))
clear3d("all")
light3d()
persp3d(x, y, z, front="fill", back="fill", col="white",
        zlim=c(-10, 10), aspect=c(1, .5, 1),
        axes=FALSE, box=FALSE, xlab="", ylab="", zlab="")
material3d(alpha=.8)
surface3d(x, y, matrix(4, nrow=length(x), ncol=length(y)),
        col="white", specular="black",
        texture="world.png",
        texture_s=matrix(1:128/129, 128, 64),
        texture_t=matrix(1:64/65, 128, 64, byrow=TRUE))          
par3d(userMatrix=rotationMatrix(-pi/2, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(15/180*pi, 1, 0, 0)%*%
      rotationMatrix(50/180*pi, 0, 0, 1)%*%
      rotationMatrix(30/180*pi, 1, 0, 0),
      zoom=.75)
snapshot3d("combine.png")



###################################################
### code chunk number 33: gore.Rnw:1111-1112
###################################################
rgb(.8, .6, .4)


###################################################
### code chunk number 34: rgb
###################################################
grid.rect(gp=gpar(fill=rgb(.8, .6, .4)))


###################################################
### code chunk number 35: gore.Rnw:1155-1156
###################################################
hcl(46, 55, 67)


###################################################
### code chunk number 36: gore.Rnw:1181-1183
###################################################
options(width=50)



###################################################
### code chunk number 37: gore.Rnw:1184-1185
###################################################
hcl(46, 55, seq(10, 90, 10))


###################################################
### code chunk number 38: hcl
###################################################
grid.circle(x=1:9/10, r=unit(1, "cm"),
            gp=gpar(col=NA, fill=hcl(46, 55, seq(10, 90, 10))))


###################################################
### code chunk number 39: oz
###################################################
library(oz)
ozLines <- ozRegion()
# The sections are as
# follows: 1-7, coastlines of WA(1), NT(2), QLD(3), NSW(4),
# VIC(5), TAS(6) and SA(7) respectively; sections 8-16 are
# internal mainland state boundaries: SA-WA(8), WA-NT(9),
# NT-SA(10), NT-QLD(11), QLD-SA(12), QLD-NSW(13), NSW-SA(14),
# NSW-VIC(15), VIC-SA(16).
makeBdry <- function(lines, rev=NULL) {
    if (is.null(rev)) {
        list(x=unlist(lapply(lines, function(line) line$x)),
             y=unlist(lapply(lines, function(line) line$y)))
    } else {
        list(x=unlist(mapply(function(line, rev) { 
                                 if (rev) {
                                     rev(line$x)
                                 } else {
                                     line$x
                                 }
                             }, lines, as.list(rev))),
             y=unlist(mapply(function(line, rev) { 
                                 if (rev) {
                                     rev(line$y)
                                 } else {
                                     line$y
                                 }
                             }, lines, as.list(rev))))
    }
}
WA <- makeBdry(ozLines$lines[c(1, 8, 9)])
NT <- makeBdry(ozLines$lines[c(2, 11, 10, 9)], 
               rev=c(FALSE, TRUE, TRUE, FALSE))
QLD <- makeBdry(ozLines$lines[c(3, 13, 12, 11)],
                rev=c(FALSE, FALSE, TRUE, FALSE))
NSW <- makeBdry(ozLines$lines[c(4, 15, 14, 13)],
                rev=c(FALSE, FALSE, TRUE, TRUE))
VIC <- makeBdry(ozLines$lines[c(5, 16, 15)],
                rev=c(FALSE, TRUE, TRUE))
TAS <- makeBdry(ozLines$lines[6])
SA <- makeBdry(ozLines$lines[c(7, 8, 10, 12, 14, 16)])
australia <- list(states=list(WA=WA, NT=NT, QLD=QLD, 
                    NSW=NSW, VIC=VIC, TAS=TAS, SA=SA),
                  xrange=ozLines$rangex,
                  yrange=ozLines$rangey)
centre <- function(bdry) {
    # c(mean(range(bdry$x)), mean(range(bdry$y)))
    # From 'maps' package
    centroid.polygon(bdry)
}
australia$centres <- lapply(australia$states, centre)
stateInfo <- read.table("oz.txt", head=TRUE, sep="\t")
pop <- as.numeric(gsub(",", "", stateInfo$Population))
area <- as.numeric(gsub(",", "", stateInfo$Area))
popDens <- pop/area
names(popDens) <- gsub(" +", "", stateInfo$Postal)
par(mar=rep(0, 4))
plot.new()
plot.window(australia$xrange, australia$yrange)
for (i in names(popDens)) {
    polygon(australia$states[[i]], 
            col=hcl(46, 55, 4*popDens[i]))
    cntr <- australia$centres[[i]]
    text(cntr[1], cntr[2], round(popDens[i]),
         col=if (4*popDens[i] < 80) "white" else "black")
}
oz(coast=FALSE, state=TRUE, col="grey", add=TRUE)



###################################################
### code chunk number 40: ozregions
###################################################
library(oz)
par(mar=rep(1, 4))
oz()


###################################################
### code chunk number 41: gore.Rnw:1306-1308 (eval = FALSE)
###################################################
##   library(oz)
##   oz()


###################################################
### code chunk number 42: gore.Rnw:1330-1331 (eval = FALSE)
###################################################
## hcl(46, 55, 4*popDens)


###################################################
### code chunk number 43: ozcolours
###################################################
grid.circle(x=1:7/8, r=unit(1, "cm"),
            gp=gpar(col=NA, fill=hcl(46, 55, 4*sort(popDens))))


###################################################
### code chunk number 44: gore.Rnw:1357-1358 (eval = FALSE)
###################################################
## ifelse(4*popDens < 80, "white", "black")


###################################################
### code chunk number 45: oztext
###################################################
grid.circle(x=1:7/8, r=unit(1, "cm"),
            gp=gpar(col=NA, fill=hcl(46, 55, 4*sort(popDens))))
grid.text(round(sort(popDens)), x=1:7/8, 
          gp=gpar(col=ifelse(4*sort(popDens) < 80, "white", "black")))


###################################################
### code chunk number 46: gore.Rnw:1380-1383 (eval = FALSE)
###################################################
## polygon(australia$states, col=hcl(46, 55, 4*popDens))
## text(cntr[1], cntr[2], round(popDens),
##      col=ifelse(4*popDens < 80, "white", "black"))


###################################################
### code chunk number 47: gore.Rnw:1458-1475
###################################################
key <- function(key, filename=key) {
    pdf(paste(filename, ".pdf", sep=""), width=1/4, height=1/4)
    grid.roundrect(width=.8, height=.8)
    grid.text(key)
    dev.off()
}
key("A")
key("B")
key("C")
key("D")
key("0", filename="zero")
key("!", filename="exclam")
key("&", filename="ampersand")
key("\\", filename="slash")
key("2", filename="two")
key("6", filename="six")
key("1", filename="one")


###################################################
### code chunk number 48: gore.Rnw:1530-1531 (eval = FALSE)
###################################################
## curve(20*(3*log(1-x) + log(x)))


###################################################
### code chunk number 49: curve
###################################################
par(mar=c(2, 3, 2, 2))
curve(20*(3*log(1-x) + log(x)), 0.01, .9,
      xlab="", ylab="", axes=FALSE)
box()


###################################################
### code chunk number 50: scriptl (eval = FALSE)
###################################################
## grid.text("\200", gp=gpar(fontfamily="special"))


###################################################
### code chunk number 51: lscriptfont (eval = FALSE)
###################################################
## lscriptFont <- 
##     Type1Font(family="special",
##               metrics=c("./cmmi10.afm",
##                 "Helvetica-Bold.afm",   
##                 "Helvetica-Oblique.afm",
##                 "Helvetica-BoldOblique.afm"),
##               encoding="./special")
## pdfFonts(special=lscriptFont)


###################################################
### code chunk number 52: scriptl
###################################################
lscriptFont <- 
    Type1Font(family="special",
              metrics=c("./cmmi10.afm",
                "Helvetica-Bold.afm",   
                "Helvetica-Oblique.afm",
                "Helvetica-BoldOblique.afm"),
              encoding="./special")
pdfFonts(special=lscriptFont)
Sys.setlocale("LC_CTYPE", "en_NZ.iso-8859-1")
grid.text("\200", gp=gpar(fontfamily="special"))


###################################################
### code chunk number 53: gore.Rnw:1651-1652 (eval = FALSE)
###################################################
## lscriptFont <- 
##     Type1Font(family="special",
##               metrics=c("./cmmi10.afm",
##                 "Helvetica-Bold.afm",   
##                 "Helvetica-Oblique.afm",
##                 "Helvetica-BoldOblique.afm"),
##               encoding="./special")
## pdfFonts(special=lscriptFont)


###################################################
### code chunk number 54: lscript (eval = FALSE)
###################################################
## mtext("\200", side=2, line=1, cex=1.5,
##       family="special")


###################################################
### code chunk number 55: gore.Rnw:1662-1673
###################################################
pdf("ell.pdf", width=5, height=4)
par(mar=c(2, 3, 2, 2))
curve(20*(3*log(1-x) + log(x)), 0.01, .9,
      xlab="", ylab="", axes=FALSE)
mtext("\200", side=2, line=1, cex=1.5,
      family="special")
mtext(expression(italic(p)), side=1, line=1)
box()
dev.off()
embedFonts("ell.pdf", out="ellEmbedded.pdf",
           fontpaths=".")



###################################################
### code chunk number 56: gore.Rnw:1682-1684 (eval = FALSE)
###################################################
## curve(20*(3*log(1-x) + log(x)), axes=FALSE)
## mtext("\200", side=2, family="special")


###################################################
### code chunk number 57: gore.Rnw:1704-1705 (eval = FALSE)
###################################################
## segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10)


###################################################
### code chunk number 58: badend
###################################################
# From R-help 2011-06-17 from Frank Harrell
set.seed(1)
par(mfrow=c(2, 2), mar=rep(.5, 4), oma=rep(2, 4), yaxs="i", xpd=NA)
plot.new()
grid.rect(gp=gpar(col=NA, fill="grey"))
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10)
mtext("x3", side=2, line=1)
mtext("x1", side=3, line=1)
plot.new()
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10)
mtext("x3", side=4, line=1)
mtext("x2", side=3, line=1)
mtext("x2", side=1, line=1)
plot.new()
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10)
mtext("x2", side=2, line=1)
mtext("x2", side=4, line=1)
mtext("x1", side=1, line=1)
library(grid)
# grid.rect(width=.99, height=.99)



###################################################
### code chunk number 59: gore.Rnw:1752-1753 (eval = FALSE)
###################################################
## segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10, lend="butt")


###################################################
### code chunk number 60: happyend
###################################################
set.seed(1)
par(mfrow=c(2, 2), mar=rep(.5, 4), oma=rep(2, 4), yaxs="i", xpd=NA)
plot.new()
library(grid)
grid.rect(gp=gpar(col=NA, fill="grey"))
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10, lend="butt")
mtext("x3", side=2, line=1)
mtext("x1", side=3, line=1)
plot.new()
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10, lend="butt")
mtext("x3", side=4, line=1)
mtext("x2", side=3, line=1)
mtext("x2", side=1, line=1)
plot.new()
rect(0, 0, 1, 1, col="white", border=NA)
segments(.5, 0, .5, runif(1), lwd=10, lend="butt")
mtext("x2", side=2, line=1)
mtext("x2", side=4, line=1)
mtext("x1", side=1, line=1)
# grid.rect(width=.99, height=.99)